Для присвоения значения "Аналитики НДС" в табличной части документов для отдельной номенклатуры необходимо:
- В регистре сведений "Особая аналитика НДС номенклатуры" создать запись
- Заполнить - на картинке обязательные поля для заполнения
Поле "Ставка НДС (особая) " заполняется для получения аналитики для реверса, если мы хотим ее выделить.
Это несколько избыточная настройка, так как при настройке декларации достаточно использовать связку "Получение из ЕС" и ставку НДС. При ее применении движения будут разделены по ставкам в декларации.
Эта избыточная настройка помогает повысить наглядность и с этим смыслом может быть применена.  
- Сохранить запись
Логика присвоения аналитики по по данным записи (в порядке приоритета, соответсвующем списку)
- Если заполнены все поля, кроме "Для документов поступления"
То будет подставлена аналитика для указанной номенклатуры, с указанной характеристикой, для данной страны  и ставки НДС
- Если заполнены все поля кроме "Для документов поступления" и "Номенклатура"
То будет подставлена аналитика для любой номенклатуры, с указанной характеристикой, для данной страны  и ставки НДС
- Если заполнены все поля кроме "Для документов поступления", "Номенклатура",  "Характеристика номенклатуры"
То будет подставлена аналитика для любой номенклатуры, любой характеристики, для данной страны и ставки НДС.
Если проставлен флаг "Для документов поступления", то вышеуказанное будет действовать только для документов "Приход товара" и "Поступление услуг", если же нет то на все документы