Один из вариантов оформления НДС, уплаченного на таможне (данные для 61-ой строки декларации НДС - "Импорт"):
1) организуется транзитный счет в плане счетов,
на котором логично установить субконто для деления по видам налогов и пошлин (напр., 5726 "Muitas maksājumi", субконто "Номенклатура")
2) оформляется счет на таможенные платежи
По дате платежей оформляется счет - док-т "Поступление услуг", в котором, согласно таможенной декларации или счета от брокера, перечисляется расчет налогов и пошлин к уплате. Почему: в реальной жизни обязательно существует такой документ - тамож. декл., счет от брокера, даже если Вам позвонили и назвали цифры по телефону, эти цифры не выдуманы, а взяты откуда-то.
Заполнение документа:
В шапке:
Контрагент-кредитор - тот, кому должны заплатить - Valsts kase, брокер...
Дата документа совпадает с датой платежа...
На закладке Дополнительно:
Счет кредита - тот самый транзитный счет для контроля таможенных платежей 5726 с субконто Номенклатура...
Вид бухгалтерской операции - для импорта необходимо создать отдельную, с аналитикой, которая привязана к 61 строке декларации ("Импорт")...
Заполнение табличной части на закладке Услуги:
В колонке "Номенклатура" используются значения одноименного справочника, в котором создаются новые номенклатурные
позиции с типом "Услуга".Для каждого вида налога (для каждой номенклатурной позиции) устанавлявают счет учета
(регистр сведений "Счета учета номенклатуры)... Для НДС - счет 5726, таможенная пошлина -7150...
В строке ТЧ для налога на добавленную стоимость указывается облагаемая сумма, ставка НДС, сумма НДС
для остальных налогов, пошлин, платежей брокеру - по необходимости.
Облагаемая сумма НДС пройдет по тому же самому счету 5726 и увеличит в итоге оборот по транзитному счету,
но без этой суммы не обойтись, она нужна для заполнения поля "Облагаемая сумма сделки" в регистрах НДС...
При проведении документа формируются проводки:
5726 / 5726 - по облагаемой НДС сумме, она нужна для приложения PVN1
5721 / 5726 - НДС, который будет "сегодня же" уплачен, поэтому сразу ставится в предналог
7150 / 5726 - прочие таможенные платежи...
3) оформляется платежное поручение -
Построчно, по каждому виду налога или пошлины, т.к. для анализа оборотов по промежуточному счету нужно не забыть
в строке ТЧ указать вид субконто - налог.
Об НДС уже речи не идет, т.к. назначение платежки - погасить начисление по 5726...
При проведении платежки проводка
5726 / 2620
4) анализируются данные в отчетах
Почему именно этот способ:
- логичен и потому понятен пользователю,
- прост в исполнении и при контроле темы "таможня",
- предполагает однотипные действия пользователя при любых схемах работы с таможней (иногда через брокера, иногда сами напрямую), т.е. является универсальным,
- документ-регистратор создает идеальные условия для записи в регистры накопления данных НДС.
Прочие варианты, и почему они хуже:
Гарантированный вариант - док-т Корректировка записей регистров накопления - годится только для продвинутых пользователей, т.к. нужно правильно оформить запись в два регистра "НДС Аналитика и НДС Детализация".
Попытка "брать" данные для PVN и PVN1 из платежного поручения в момент уплаты НДС требует: 1) изменения стандартной настройки декларации НДС (добавления нового признака аналитики, изменения значения используемого ресурса для 61 строки декларации - вместо суммы НДС приходится брать облагаемую)  2) требует ручной коррекции пустого поля "облагаемая сумма" в приложении к декларации.
Реальная ситуация (неприятная):
Пользователь сначала учитывает реально проплаченные НДС и таможенные пошлины на промежуточном счете 2390, затем, по фактическому оприходованию товара на склад фирмы, переводит уплаченный НДС со счета 2390 на 5721.
В этом случае:
2390 / 2620 - ПП + все вышеперечисленные тонкие моменты, если показывать НДС в декларации "по платежу"
5721 / 2390 - ручной проводкой + 1) помнить, чтобы не забыть сделать эту самую проводку, 2) облагаемая сумма при записи в регистры НДС будет определена обратным пересчетом от суммы НДС и может отличаться от облагаемой, указанной в декларации - если НДС показывать в декларации "по получению товара".