Документ "Инвентаризация товара на складе" создается на конец дня (после которого в этот день гарантированно нет движений). Дата очень важна. Заполнение по указанным ниже способам будет производиться на дату документа. 
Документ "Инвентаризация товара на складе" может быть заполнен 2 способами:
В документе"Инвентаризация товаров на складе" и в отчете "Остатки номенклатуры на складах" есть отбор по одной из трех единиц измерения номенклатуры:
Если в поле "Ед. измерения" не будет указано значение (поле останется пустым на момент заполнения строк таблицы), то будет использована единица хранения остатков.
В отчете "Остатки номенклатуры на складах" - аналогичный отбор.
Чтобы добавить в число колонок таблицы колонку со значенем ед. измерения, нужно под кнопкой Настройки на закладке Основные параметры добавить в Выбранные поля ещё одно значение: в форме выбора поля Номенклатуру развернуть по крестику, выбрать из списка нужную единицу измерения.
Пользователь пока самостоятельно определяет соответствие указанной в отборе ед. изм. и название ед. измерения в доп. колонке.
Важно! Если при заполнении документа "Инвентаризация товаров" по складу и по отдельной группе номенклатуры появляется ошибка:
{Документ.ИнвентаризацияТоваровНаСкладе.МодульОбъекта(538)}: Ошибка при вызове метода контекста (ПринадлежитЭлементу)
   Если Не Выборка.Номенклатура.ПринадлежитЭлементу(ГруппаТовара) Тогда
по причине:
Элемент не выбран!
- это значит что есть "битые" ссылки (результат бездумного непосредственного удаления) - есть остатки номенклатуры, которая была удалена непосредственно (возможно для пользователей с полными правами). 
Как исправить: