В любом отчете СКД есть возможность пронумеровать строки настройкой отчета. Для этого необходимо:
Открыть настройку отчета:
 
Выбрать поле номера строк (двойной клик мыши или перетащить вправо в список выводимых полей)
Примерно так
Место по порядку этого поля можно подвинуть синей стрелкой (на панели инструментов справа, обведено) на нужное место.