Для формирования декларации по НДС и приложений к ней используются данные, сгруппированные по аналитическому признаку - субконто "Аналитика НДС", поэтому к хозяйственной сделке со счетом учета НДС нужно обязательно прикрепить значение субокнто из справочника "Аналитика НДС".
В этом справочнике пользователь самостоятельно определяет разумное количество аналитических признаков, на которые можно разделить облагаемые НДС хозяйственные сделки предприятия (по умолчанию справочник уже заполнен). 
В справочнике есть одно предопределённое значение (это условие нормального функционирования – справочник не может быть пустой), которое не может быть удалено, но пользователь самостоятельно может изменить его название на любое другое.
В плане счетов два предопределенных значения счетов учета НДС: 5721 и 2311. Отчеты по НДС строятся на движениях по этим двум предопределенным счетам.
При проведении документов идет запись в регистры накопления НДС: НДС Аналитика и НДС Детализация, таблицы с данными, из которых подбираются данные для формирования строк декларации НДС и приложений. Причем суммы с закладки "Зачет аванса" док-тов Поступления и Реализации товаров и услуг записываются в регистр с минусом, поэтому пользователь просто перечисляет в настройке декларации НДС виды аналитики для определенной строки, заранее зная, что сумма попадет туда с нужным знаком.
Запись сумм в регистр "Аналитика НДС" ведется в латовом эквиваленте.
Запись сумм в регистр "Детализация НДС" ведется в латах и в валюте страны-поставщика (для второй части Приложения PVN1).
Если указан счет НДС 2311, запись в регистр Детализация НДС идет с пометкой "Не акцептирован", сделка отсеивается при отборе данных регистров в декларацию и приложения, но затем эта сумма НДС предлагается в банковских и кассовых документах при подборе данных к оплате (т.е. вариант "НДС по оплате").
Обязательные условия записи в регистры накопления НДС:Ставка НДС служит механизмом расчета суммы НДС (например, 21% или 21/121%) - при выборе ставки НДС, используемой в сделке, автоматически рассчитывается сумма НДС.
При необходимости сумму НДС можно корректировать, соответственно изменится значение в поле "Сумма с НДС".
Поле "Сумма с НДС" недоступно для редактирования, т.е. редакция полей может быть сделана "слева-направо".
Для автоматического заполнения строки табличной части документа используют данные справочника "Виды бухгалтерской операции" (меню "Проводки - Виды бухгалтерской операции").
Выбирая из справочника хозяйственную операцию, пользователь в строке табличной части документа не только проставляет счет учета и корреспондирующий счет в проводке со счетом НДС, но и определяет:
1) ставку НДС
2) счет учета НДС
3) аналитический признак НДС
4) счет, корреспондирующий в проводке со счетом учета НДС (для различных вариантах учета НДС в авансах).
Особенность записи в регистры накопления при проведении док-та "Ручная операция":
т.к. нельзя со 100% гарантией определить по строкам табличной части какая сумма является облагаемой, а какая - НДС от этой суммы, то при записи в регистры накопления НДС облагаемая сумма рассчитывается обратным пересчетом от суммы НДС. Т.е. основанием для записи в регистр служит строка, в окторой есть предопределенный счет учета НДС и ставка НДС, облагаемая сумма будет рассчитана от суммы проводки в соответствии с использованной ставкой. Поэтому облагаемая сумма, записанная в регистры накопления, может отличаться от реальной суммы сделки.
При проведении Ручной операции нет жестких проверок на наличие всех субконто на счетах учета НДС, поэтому запись в регистры накопления м.б. неполной, и не попадет в декларацию.